Савремени биомедицински софтвери

ID: 3537
врста предмета: научно-стручни
носилац предмета: Мунћан С. Јелена
извођачи: Матија Р. Лидија, Мунћан С. Јелена
контакт особа: Мунћан С. Јелена
ниво студија: докторске студије
ЕСПБ: 5
облик завршног испита: писмени

извођења

  • 2. семестар, позиција 3

циљ

У оквиру предмета, студент стиче знања о актуелним софтверским решењима која се користе у имплементацији савремених медицинских информационих система и уређаја, као и о фундаменталним принципима телемедицине као методе даљинске дијагностике. Студент се кроз практичне примере упознаје се са основним техникама обраде и анализе медицинских слика у програмском пакету MATLAB као и Р софтверском окружењу и моделовањем биолошких система. Упознавање са софтверима за анализу генетских и протеинских секвенци. Сарадња са стручњацима из области медицине и информатике.

исход

Похађањем предмета студент стиче теоријска знања везана за информационе системе у медицини, оспособљава се за анализу организације информационих система у медицинским установама, стиче знања о софтверским решењима која се примењују у апликацији медицинских система и телемедицине. Такође се оспособљава за активно коришћење програмских пакета MATLAB и Р када су у питању анализа и обрада слике. Студент стиче базна знања за разумевање секвенцирања гена и протеина као и коришћења одговарајућих софтверских пакета.

садржај теоријске наставе

Аспекти здравствене информатике. Биомедицински подаци. Системи електронских здравствених записа. Медицински информациони системи. Приказ арихтектуре постојећих медицинских софтвера, предности и манe, могуће измене и проширења, стандарди. Специфичности пројектовања софтвера за медицинске уређаје. Специфичности инжењеринга захтева приликом израде медицинског софтвера и медицинских информационих система. Обрада дигиталне слике за медицинску примену. Методе побољшања квалитета слике, морфолошке операције над сликом, сегментација слике, 3D визуелизација медицинских слика у програмском пакету MATLAB. Методе обраде хиперспектралних слика у Р-у. Основе генетике и протомике. технике секвенцирања гена,Значај секвенцирања гена и протеина за рану дијагностику патолочиких стања.математичке методе и технике обраде података, приказ резултата и интерпертација.Пројект Људског Генома и савремено софтверско инжењерство.

садржај практичне наставе

Примери информационих система у медицини и актуелних софтверских апликација који се користе у апликацији медицинских система. Развој самосталних програма помоћу MATLAB-a: побољшање квалитета слике, сегментација слике, морфолошке операције над дигиталном сликом. Примери графичког интерфејса. Пројектовање графичког интерфејса у програмском пакету MATLAB. Анализа електронских база података из медицинске генетике. Проналажење информације у вези са специфичним условима и одговорних гена, генске и протеинске специфичне секвенце, структуре, функције и информација за обраду на рачунару.

услов похађања

Уписане докторске студије.

ресурси

Писани материјал са предавања (handouts).

фонд часова

укупан фонд часова: 35

активна настава (теоријска)

ново градиво: 10
разрада и примери (рекапитулација): 2

активна настава (практична)

аудиторне вежбе: 0
лабораторијске вежбе: 10
рачунски задаци: 0
семинарски рад: 0
пројекат: 3
консултације: 0
дискусија/радионица: 0
студијски истраживачки рад: 4

провера знања

преглед и оцена рачунских задатака: 0
преглед и оцена лабораторијских извештаја: 0
преглед и оцена семинарских радова: 0
преглед и оцена пројекта: 2
колоквијум са оцењивањем: 0
тест са оцењивањем: 2
завршни испит: 2

провера знања (укупно 100 поена)

активност у току предавања: 10
тест/колоквијум: 15
лабораторијска вежбања: 0
рачунски задаци: 0
семинарски рад: 0
пројекат: 35
завршни испит: 40
услов за излазак на испит (потребан број поена): 40

литература

М.Поповић: Дигитална обрада слике, Академска мисао, Београд, 2006.; C.Solomon, T.Breckon: Fundamentals of Digital Image Processing a Practical Approach with Examples in Matlab, Wiley-Blackwell, 2010.; G. Dougherty: Digital image processing for medical application, Cambridge University Press, 2009; Agostino,M., Practical bioinformatics, Garland Science, New York,2013; Tobies,S.E., et.al, Essential Medical Genetics, Wiley-Blckwell, Oxford, 1997.;